雖有學者將本應以租稅或規費、受益費方式徵收，卻逃避遁入到特種基金範疇而加諸負擔於國民情形，以「特別公課肥大化」病症稱之。亦有學者指出，此類特種基金雖有其單獨計算盈虧、績效功能，但卻也造成預算單一原則破壞，形成國家整體財政狀況難以藉由單一預算加以掌握弊端，導致財政靈活度日減，甚至影響財政健全性，並進而提出應朝限縮方向通盤檢討。甚至堪有「立法院良心」的立法院預算中心更進一步建議這些鉅款形同各機關私房錢，有違量出為入原則，更形成資金運用靈活度不足問題，從而遂建議應修法將上述不符預算整體性之特種基金廢除，以回歸正常體制云云。遺憾的是，在政府持續罔顧財政理性態度下，其規模不僅大幅擴張，亦多有濫用情形。
以國會正在審議的「醫療糾紛處理及醫療事故補償法」草案為例，該草案之立法目的旨在通盤解決病人及家屬、醫事人員雙方面對醫療糾紛爭議制度困境，並以「促進病人權益保障」為核心，試圖達成「維護醫病雙方權益，促進醫病關係和諧」、「迅速解決彼此爭議，實現社會公平正義」、「促進病人安全，提升醫療服務品質」等政策目標，顯具高度的公益性。然而根據該草案於今年五月底國會朝野黨團協商通過版本裡，其中公然將菸捐收入明文列為「醫療事故補償基金」基金來源之一，令人困惑不已。
析言之，我國自二○○二年依菸害防制法第四條規定開徵菸捐。照理而言，政府開徵目的乃基於吸菸對人體有極大的傷害，為了幫助吸菸者戒菸、提升戒菸成功率，遂透過以價制量方式企圖降低民眾吸菸率及二手菸暴露率，同時替吸菸者將來可能所需就醫費用做準備而開徵。要之，倘若菸捐課徵具有任何正當性，其正當性應建構在專款專用於菸害防制目的上，方屬允當。醫療糾紛事故處理本質上與菸害防制目的可謂毫無關連，恣意將菸捐挪為醫療事故補償基金財源，顯有與行政法上「不當連結禁止」原則背道而馳之嫌。況且從財政觀點來說，菸捐本屬不穩定財源，若政府防制乃至取締績效優異，則菸捐收入理應越形減少。將菸捐與攸關醫病福祉的醫療事故補償基金掛勾，不啻意味著菸捐收入不但不能少，而且還要多多益善，方有財源實現「維護醫病權益」、「實現社會公平正義」等崇高目標。一言以蔽，當政府一昧迷信「菸捐萬能主義」時，其結果難道不是積極鼓吹「吸菸救國」乎？
