每年徵收規模超過三百多億元的鉅額菸捐應如何運用？依菸害防制法第四條規定，項目包括全民健康保險之安全準備、癌症防治、提升醫療品質、補助醫療資源缺乏地區、罕見疾病等之醫療費用、經濟困難者之保險費、中央與地方之菸害防制、衛生保健、社會福利、私劣菸品查緝、防制菸品稅捐逃漏、菸農及相關產業勞工之輔導與照顧等洋洋灑灑項目，至於真正具有重要性的相關分配及運作辦法，則由中央主管機關及財政部訂定之。又依現行「菸品健康福利捐分配及運作辦法」規定，菸捐除定額先分配供「菸農及相關產業勞工輔導與照顧之用」外，餘專款之百分之七十作為供全民健康保險之安全準備、百分之五點五供癌症防治、百分之四供提升預防醫學與臨床醫學醫療品質、百分之二點五供補助醫療資源缺乏地區、百分之二供罕見疾病等之醫療費用、百分之六供補助經濟困難者之保險費、百分之三供中央與地方菸害防制、百分之三供中央與地方衛生保健、百分之三供中央與地方社會福利、另有百分之一供中央與地方私劣菸品查緝及防制菸品稅捐逃漏等之用。
菸捐作為財稅法上的特別公課，其內涵司法院釋字第四二六號已有闡述。簡單而論，要求特定人民繳納特別公課，其使用理由必須與徵收間具有特殊法律關連性存在，亦即必須為公課義務人之群體用益性為目的而徵收。如此方符合「專款專用」立法意旨。倘若專款收入使用恣意浮濫，整體制度即失去存在的合理性基礎，淪為暴斂橫征。
依據中央健保署自己引用的醫學文獻顯示，菸害造成的疾病醫療費用約占各國醫療費用百分之十。由於吸菸引發疾病之醫療費用支出造成健保負擔，這些額外醫療成本是全民共同在分擔，具外部性。因此將若干菸捐收入挹注於健保安全準備，固然不無幾分道理。惟就比例而言，既然各國醫療費用裡菸害造成的疾病醫療費用僅佔百分之十，其餘乃其他各種因素所導致，理論上菸捐用於健保安全準備比例應以百分之十為度，方屬妥適。目前將高達菸捐七成收入作為挹注健保安全準備的作法，意味著將大部分與吸菸無關的健康病痛，也一併轉嫁予菸捐負擔義務人補貼，如此極端偏差的分配模式，早已與特別公課的立法意旨背道而馳。
為遏制菸捐使用分配弊端，立法院法制局於今年度的中央政府總預算案整體評估報告裡曾具體建議，菸捐應比照菸稅列入歲入，除維持原本以價制量目的外，國庫亦增加可供統籌運用之稅收，並得本於公平原則用於各項施政。此一見解殊值贊同，明快修法將菸捐賦予落日條款，儘速回歸相關稅制，方屬妥適。
