「二次金改」案二審日前宣判，前總統陳水扁、吳淑珍夫婦遭高院從無罪逆轉重判，陳致中、黃睿靚夫婦亦遭判刑。就法而論，一、二審判決南轅北轍，乃根源於對憲法「總統職權」詮釋差異所致。
總統為憲法上之機關。所謂總統職權，係指以總統名義做成具有對外直接發生法律效力的事務決定權限。憲法明文規定的總統職權包括：元首權、人事權、軍事統帥權、發布法令權、締約、宣戰及媾和之權、宣布戒嚴權、緊急命令權、赦免權、院際爭議解決權、國家安全機關設置權、副總統缺位提名權、立法院解散權等項。其中值得注意，總統雖為對外代表國家機關，然而與憲法第五十三條，亦即行政院為國家最高行政機關規定加以對照，則可察覺總統雖由人民直選而出，係具有高度民主正當性的國家元首，然而就行政職權歸屬而言，在現行憲政體制下，行政院長才擁有國家行政職權。縱令一九九七年修憲後，增修條文第二條賦予總統為決定國安大政方針，得設國家安全會議及所屬國家安全局規定，惟國家安全會議終究為幕僚機關，其決議僅做為總統決策參考，亦無執行權責。退步而言，即便認為總統國安大政決定權係實權，然而其範圍並非無所不包，主要仍侷限於涉及直接與國家安全有關事務，依國家安全會議法第二條規定，國家安全係指國防、外交、兩岸關係及國家重大變故等相關事項。總之，我國最高行政權歸屬是分裂的，屬於總統與行政院長分享行政權之雙元行政首長模式。「國家安全有關大政方針」，亦即國防、外交、兩岸關係及國家重大變故等部分之最高決定權屬總統，其他一般行政權仍歸屬行政院。
二次金改案相關業務主要決策與執行性質上屬於財政、經濟建設等由行政院執掌之一般行政領域，而顯非憲法「國家安全有關大政方針」所涉及之政策領域。陳前總統雖有任免行政院長權限，但在體制上並無直接指揮行政院長之權，行政院仍為國家最高行政機關。二次金改應如何辦理，非陳前總統於職務範圍內執掌或指揮監督事項，焉有構成「利用職務機會」要件餘地？縱令總統基於國家元首地位對於若干案件，如二次金改等曾表達關心或政策目標宣示，或甚至有進一步由其配偶收受他人贈與或政治獻金而在道德及社會觀感上值得非難。但就憲政體制而論，陳前總統既對各該具體個案皆無行政指揮監督權，似乎難謂相關贈與及政治獻金為「利用職務機會」詐取財物或收受賄賂之對價。
此次高院採取迥異以上觀點的「實質影響說」而對二次金改作出逆轉重判，若干支持者雖認為這樣才符合國民感情與主流見解。惟筆者認為，此種極端重大法律爭端早應停止審判，聲請大法官釋憲。退步而言，若普通法院自認有承擔審判能力，亦當如學術論文般嚴謹提出具有憲法深度的有力論述，光憑幾句道德譴責之辭就要重判前國家元首十八年，當然永難洗刷政治干預的質疑。
