憲政體制是國家運作的基礎規範，猶如大樓的地基鋼骨，理應審慎設計。現行憲法體制隨意拼湊西方憲政原理與蘇維埃民主集中制，先天上本就問題重重，再加上隨台灣民主化與總統直選後，憲法雖經多次增修縫補，惟依舊破綻百出，猶如違章建築，岌岌危矣。這一點連馬總統自己也知之甚詳。二○○八年總統大選時馬蕭「民主改革」政見，其中即提出「實現權責相符的中央政府體制」主張，具體承諾「擬於總統及立法院改選兩年後，成立憲法評估小組，檢討現行憲法的優缺點及國會減半後的議事成效。」並進而宣稱「如果朝野能有普遍共識，將推動進一步憲政改革，以回應國人對憲政秩序期待」。遺憾的是，或許扮演「有權無責超級大總統」太過迷人，當年那些憲改選舉支票，早已被置諸腦後。
「九月政爭」是憲政危機，也可是推動憲政的契機。為求國家長治久安，台灣人民應思考是否勇於拋開劣質憲政體制束縛，為台灣量身打造一部符合現代憲政思潮、人權理念及符合台灣現狀需求的嶄新憲政體制？具體而言，目前迫切的憲改課題，在中央政府組織方面應至少包括以下三點：
一、總統權責的釐清：「九月政爭」導火線乃隸屬行政院的特偵組跳過行政院，直接跑去跟總統打小報告。反映在憲政體制上，恰凸顯總統與行政院的職權劃分一向混淆，經常導致總統作決定，行政院長背黑鍋，甚至跟免洗碗筷一般，用完即拋，此種「有權無責」現象非民主常態。未來憲改時可考慮將行政院長改為幕僚性質的國務卿，中央最高行政機關則改為總統，所有中央行政機關盡歸其指揮，藉此貫徹行政一體以及權責相符原則。
二、國會制衡力量的強化：現代國家裡，國家任務大幅擴張，行政權力大增已是無可避免的宿命。由人民直選而出，代表人民監督制衡行政權的國會，其角色更加吃重。遺憾的是，現行憲法賦予國會監督制衡的權力並不完整。未來憲改時除應賦予國會完整的國會調查權外，同時亦應擴大法制局編制，並同時增設預算局，藉此強化國會制衡力量。
三、考試院、監察院的廢除：孫文獨見創獲的五權憲法比西方民主國家多兩權，猶如畫蛇添足。考試權性質上屬人事行政權一環，監察權又係割裂立法權而來，在現代政府組織精簡的風潮下，繼續維持此一耗費鉅額公帑、供養眾多委員、高官的龐大五院體制，早已與國情不符，未來憲法修改時應予一併廢除，俾重新建構契合三權分立原理之效率、嶄新憲政體制。
